「マイニャン」は、今作「妖怪ウォッチ3」で新たに追加されたシステムで、ともだち妖怪の「マイニャン」を自分好みの見た目や必殺技・スキルやステータス、種族といったあるゆる項目をカスタマイズすることの出来るシステム。
マイニャンはイナホの第4章の「探偵！地下街のスクープ！」で手に入り、初期状態は「マッサラニャン」という名前がついているが、名前も好きな名前に変更することが可能。
マイニャンをカスタマイズ出来るパーツは全部で130種類近くあり、その豊富なパーツを使って自分だけのオリジナルニャンを作ることが出来る。
必殺技とスキルは、「ジバニャン」をはじめとするニャン系妖怪を仲間にするとその必殺技やスキルを教えることが可能。
またステータスもニャン系妖怪を使って特訓し最大で5回まで上昇させることができ、物理アタッカーやヒーラー等好みのタイプに仕上げることが出来る。
あと種族も設定・変更することが可能で、種族ボーナス狙いで統一したり、ブラスター要員として「ニョロロン」族にしたりと様々。